Etter å ha vært en stormakt på 1200- og 1300-tallet, kom Mongolia under kinesisk herredømme. Buddhismen festet samtidig sitt grep om folket. På begynnelsen av 1900-tallet kom det igjen til en mongolsk statsdannelse.
I 1372 gikk 15.000 kinesiske soldater inn i Mongolia. De ble slått, men åtte år senere la kineserne hovedstaden Karakorum i ruiner. Etter en oppløsningsprosess ble Mongolia samlet på nytt om lag hundre år etter dette, men en bitter suksesjonsstrid fulgte, og Indre Mongolia kom under kinesisk styre i 1636 etter at mansjurene, et folk med nomadebakgrunn som mongolene, tok makten i Kina og etablerte seg som ching-dynastiet. Ytre Mongolia (= dagens Mongolia) ble innlemmet i Kina i 1691.
Fra middelalderen var Mongolia gjenstand for buddhistiske impulser. Senere begynte retninger innenfor den tibetanske buddhismen å tevle om tilslutning fra de mektige mongolske herskerne.
En av retningene ble kalt den gule religionen, og den ble i 1578 brakt til landet. Hele Indre Mongolia og deler av Vest-Mongolia aksepterte denne. Den fikk også overtaket i Tibet. Fredsommelig som den var, var den en måte for mansjurene som nå styrte, å temme de krigerske mongolene. Sjamanismen ble bekjempet med lovgivning, og drap av slaver og tjenere ved deres herres død ble avskaffet, flerkoneri likeså.
Ved begynnelsen av 1900-tallet var det kinesiske ching-dynastiet svekket og gjennomførte en rekke reformer for å komme misnøye i møte. De gjorde lover gjeldende over hele Kina, Mongolia inkludert. Dermed ble avtalen mellom ching og Mongolia fra 1691 irrelevant. Etter en revolusjon ble Kina republikk i 1912.
Før dette hadde en uavhengighetsbevegelse organisert seg i østlige og sentrale deler av Mongolia. 29. des. 1911 hadde lederen, den øverste buddhistmunken i landet, høytidelig blitt innsatt som Mongolias konge med navnet Bogd. I 1912 ble den vestmongolske byen Hovd frigjort, og vestmongoler og deler av Indre Mongolia sluttet seg til den nye staten.
Det nye regimet i Kina aksepterte imidlertid ikke løsrivelsen. På en trepartskonferanse i 1915 spriket interessene. Russland ønsket kinesisk anerkjennelse av en innflytelsessone i Ytre Mongolia. For kineserne var bunnlinjen at Mongolia forble en integrert del av Kina. Mongolene krevde full selvstendighet. Ifølge avtalen fra trepartskonferansen var Mongolia en autonom del av Kina uten kinesisk innblanding i indre anliggender, men med en kinesisk høykommissær i landet.
Sommeren 1919 sendte Kina styrker til Ytre Mongolia. Dette var et brudd på avtalen fra 1915 og 22. november sa kineserne den opp. Mongolene måtte søke hjelp. Russerne hadde to år tidligere gjennomført sin oktober-revolusjon og ville ikke komme mongolene til hjelp etter som de trengte kinesernes anerkjennelse av sitt nye regime og ønsket å spre revolusjonen dit.
Den russiske generalløytnant baron Ungern-Sternberg tilhørte dem som kjempet mot revolusjonen. Han gikk i 1921 med en styrke inn i Mongolia og befridde kongen og den nye hovedstaden Huree. Med Bogd igjen på tronen var Mongolia blitt en bastion for Ungern-Sternbergs, «den gale baron» som han ble kalt, antirevolusjonære virksomhet. Dette var utålelig for russerne som nå sendte den røde armé til Mongolia og nedkjempet baronens styrker. Han selv ble henrettet. Ytre Mongolia og Sovjetunionen undertegnet en bilateral avtale i Moskva 5 nov. 1921. (Indre Mongolia forble en del av Kina.)
I 1924 døde kongen. Parlamentet møtte første gang i november dette året og erklærte opprettelsen av den mongolske folkerepublikken. Allerede i 1922 var en komité blitt nedsatt for å utarbeide et forslag til konstitusjon, men komiteen ble oppløst allerede samme år da den ikke arbeidet etter linjer som tilfredsstilte kommunistene. I stedet ble et Moskva-tro utkast lagt til grunn. Mongolia skulle være et klasseløst samfunn. Parlamentet gav Huree navnet Ulaanbaatar med betydningen «rød helt». Den kommunistiske perioden i Mongolias historie som skulle vare til 1990, var i gang.